
A história gira em torno de Akihisa Yoshii, o “baka” do título. Sua academia divide rigidamente o corpo discente em turmas com base nos resultados dos testes. Os prodígios estão na classe A, com poltronas reclináveis e ar-condicionado, mas Akihisa está na classe F, o degrau mais baixo da escola, mobiliado apenas com mesas baixas e decrépitas e tatames de palha desgastados. Uma garota chamada Mizuki Himeji é na verdade uma das garotas mais inteligentes do segundo ano de Akihisa, mas ela teve febre no dia do teste e foi classificada na classe F. Além de Mizuki (que Akihisa adora secretamente), a turma F também tem Yuuji Sakamoto, o presidente da turma que é amigo e parceiro de crime de Akihisa desde o primeiro ano. Acontece que a escola desenvolveu experimentos para convocar criaturas fantásticas, e Akihisa decide reunir a classe F para enfrentar as classes de nível superior e aproveitar suas vantagens. A classe F usa as criaturas convocadas em uma batalha total pela supremacia escolar.